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Organización Virtual (VO) CESGA

 

Guía rápida

   Si lo desea puede consultar nuestra Guía Rápida sobre cómo unirse a la VO CESGA y empezar a utilizarla. Para detalles adicionales consulte el resto de la información que aparece en esta página.

 

¿Quién puede pertenecer a esta VO?

   Cualquier usuario del CESGA que quiera acceder a la infraestructura grid existente en el centro podrá pertenecer a la Organización Virtual (VO) CESGA. Si usted no es un usuario del CESGA, pero pertenece a un centro de investigación gallego o a un centro del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), deberá rellenar el siguiente formulario.

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¿Cómo puedo usar esta VO?

   Para poder usar la infraestructura grid del CESGA deberemos seguir los siguientes pasos:

  1. Solicitar una cuenta de usuario en el nodo de acceso al grid (User Interface - UI)
  2. Configurar la cuenta de usuario
  3. Obtener un certificado X.509 de la Autoridad Certificadora (CA) correspondiente
  4. Unirse a la Organización Virtual (VO) CESGA
  5. Autorización para usar los recursos (via un proxy limitado en el tiempo)
  6. Envío de trabajos

  1. Solicitar una cuenta de usuario en el nodo de acceso al grid (User Interface - UI)

    2. El primer paso para poder utilizar el grid es tener una cuenta de usuario en el nodo de acceso (svgd.cesga.es). Si usted ya es usuario del CESGA, puede acceder a esta máquina con su login habitual. En caso de que usted aun no sea usuario del CESGA, deberá rellenar el siguiente formulario.

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  2. Configurar la cuenta de usuario

    3. Antes de seguir adelante, los usuarios deberán configurar correctamente su cuenta de usuario siguiendo los siguientes pasos:

    • Según la infraestructura grid a la que se desee enviar trabajos, se debe ejecutar uno de los siguientes comandos con el fin de establecer las variables de entorno necesarias:
      Para enviar trabajos a la infraestructura grid EGEE en el CESGA, se debe ejecutar el siguiente comando: 
       module load grid/egee
      Para enviar trabajos a la infraestructura grid NGI en el CESGA, se debe ejecutar el siguiente comando: 
       module load grid/ngi
      Para enviar trabajos a la infraestructura grid IBERGRID en el CESGA, se debe ejecutar el siguiente comando: 
       module load grid/ibergrid
    • Crear el directorio jobOutput en el directorio $HOME del usuario. Este directorio será donde se guarden los resultados del trabajo. 
      mkdir $HOME/jobOutput

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  3. Obtener un certificado digital X.509

    4. Para poder utilizar el grid es necesario obtener un certificado X.509 válido emitido por una Autoridad Certificadora (CA) reconocida. El papel de la CA es garantizar que el usuario es quien él dice que es y que tiene derecho a poseer su certificado. La CA utilizada en nuestro caso es la PKI para IRISGRID (pkIRISGrid).

    En el siguiente enlace puede descargar la Guía de usuario para la RA CESGA donde se explica detalladamente como solicitar, renovar o revocar un certificado digital para una persona física o para un servidor/servicio bajo el Centro de Supercomputación de Galicia como RA de pkIRISGrid. También se explica como usar el certificado con Globus y como cambiar el responsable para un servidor/servicio.

    Para obtener un certificado deberá descargar el documento con la política y los formularios de solicitud para la RA del CESGA desde la página, http://www.irisgrid.es/pki/policy/ra/pkirisgrid-cesga-policy-2.1.0-20090312.pdf. Después de haber leído el documento , deberá acceder a la página, https://pk.irisgrid.es/rat8/ y rellenar el formulario de solicitud de certificado al mismo tiempo que cubre el formulario que viene en el documento de la política.

    Atención: Por favor utilice como identificador IRISGrid [Nombre-Apellido] en lugar del valor que aparece por defecto [Nombre.Apellido]

    Una vez rellenado el formulario que se encuentra en el documento con la política de la RA del CESGA y enviada la solicitud del mismo mediante el enlace,https://pk.irisgrid.es/rat8/, un operador de la RA se pondrá en contacto con usted para concertar una reunión personal y proceder a la verificación de la solicitud, de acuerdo con la política de la RA del CESGA.

    En el plazo de unos días, luego de haber verificado la solicitud, recibirá un correo indicando que su certificado ha sido firmado y que esta disponible para descargar. Debe ir a la página de pkIRISGrid (https://pk.irisgrid.es/rat8/crt_get.phtml) y descargarse su certificado.

    Llegados a este paso deberá seguir los dos primeros pasos de la sección "¿Cómo usar el certificado con Globus?" de la página de pkIRISGrid para hacer una copia de su certificado y convertir este certificado al formato necesario para poder trabajar en el Grid. Deberá guardar los ficheros usercert.pem y userkey.pem obtenidos anteriormente en el directorio $HOME/.globus de la máquina svgd.cesga.es.

    Una propiedad importante del certificado es el "subject", una cadena que contiene información acerca del usuario. Esta cadena debe de ser algo como:

    "/DC=es/DC=irisgrid/O=cesga/CN=Nombre-Apellido"

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  4. Unirse a la Organización Virtual (VO) CESGA

    5. Para estar autorizado a enviar trabajos al grid debe pertenecer a una Organización Virtual (VO). Una VO es una entidad la cual normalmente se corresponde con una organización particular o un grupo de usuarios con alguna característica en común. En el caso de la VO CESGA se tratará de usuarios del CESGA que quieran acceder a la infraestructura grid existente en el centro.

    Un usuario del grid debe solicitar su inclusión en la VO deseada, y su petición será evaluada por el administrador de esa VO para decidir si acepta su solicitud o no. Para poder llevar a cabo esta solicitud, el usuario deberá utilizar un navegador web con el certificado de usuario instalado para poder autentificarse adecuadamente.

    Al descargarse el certificado de la página de pkIRISGrid, este es cargado en el navegador.

    Para solicitar su inclusión en la Organización Virtual CESGA pinche aquí. (Recuerde que debe tener instalado su certificado de usuario en el navegador).

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  5. Autorización para usar los recursos (via un proxy limitado en el tiempo)

    6. En este punto, el usuario es capaz de generar un certificado proxy. Un certificado proxy es una credencial de usuario delegada que autentifica al usuario en toda interacción segura, y tiene un tiempo de vida limitado: de hecho, esto previene el tener que usar el propio certificado de usuario, lo cual comprometería su seguridad.

    El comando para crear un certificado proxy es voms-proxy-init -voms cesga, el cual solicita al usuario que introduzca la frase clave del certificado. Si se ejecuta el comando con éxito, el certificado proxy será escrito en el fichero /tmp/x509up_u<uid>, donde <uid> es el UID del usuario en el sistema Unix/Linux, salvo que la variable de entorno X509_USER_PROXY esté definida, en cuyo caso se creará un proxy con el nombre ahí indicado.

    Por defecto, el proxy tiene un tiempo de vida de 12 horas. Para especificar un tiempo de vida diferente, la opción -valid H:M puede ser usada (el proxy será válido por H horas y M minutos). Cuando un certificado proxy ha expirado, se convierte en inútil y se deberá crear uno nuevo. Cuanto mayor sea el tiempo de vida del proxy, mayores serán los riesgos de seguridad. Por ello, el usuario deberá decidir en cada momento el tiempo de vida que más se ajusta a sus necesidades.

    También es posible imprimir información sobre un certificado proxy existente (comando voms-proxy-info), o destruirlo antes de su tiempo de expiración (comando voms-proxy-destroy).

    Aparte del tiempo de vida del proxy, el servidor VOMS impone una duración máxima para un proxy (esta información se puede ver con el comando voms-proxy-info -all). Por lo tanto, el tiempo de vida máximo que un proxy será válido no excederá el tiempo fijado por el servidor VOMS independientemente del número de horas especificado. Para evitar esta limitación se puede usar un servidor MyProxy (test02.egee.cesga.es). En la página Proxy Renewal with MyProxy puede encontrar información sobre los comandos necesarios.

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  6. Envío de trabajos

    7. En el siguiente enlace puede ver un ejemplo de como enviar un trabajo de Gromacs. Este ejemplo le muestra los pasos básicos a seguir para enviar un trabajo, seguir su evolución y obtener los ficheros de resultados.

    En la sección de enlaces, puede encontrar direcciones en donde se habla ampliamente de este tema, con información sobre los comandos necesarios, el lenguaje de descripción del trabajo (JDL), ejemplos, etc..

    En caso de que los ficheros que se envíen con el trabajo o los que se recojan al acabar éste, superen los 10MB, es necesario utilizar los siguientes comandos en el script del trabajo para copiar los ficheros que se deseen guardar, el comando "lcg-cr" habría que situarlo al final del script, puesto que copiará la salida del trabajo cuando éste haya finalizado:

     export LFC_HOST=lfc.egee.cesga.es 
 lcg-cr -v --vo cesga -d se2.egee.cesga.es file:`pwd`/salida_trabajo.out -l lfn:/grid/cesga/fichero

    Con el comando "export LFC_HOST" indicamos que estamos utilizando el catálogo del CESGA. Con el comando "lcg-cr" guardamos el fichero salida_trabajo.out en el SE del CESGA (se2.egee.cesga.es) y lo registramos en el catálogo con el lfn /grid/cesga/fichero (este nombre lo necesitaremos para recuperarlo, ya que se trata de una especie de link simbólico que apunta a nuestro fichero).

    Estos comandos, también podemos utilizarlos desde el UI, en caso de que necesitemos utilizar un fichero que supere los 10MB en nuestro trabajo, podemos guardarlo primero en el SE del CESGA, para después recuperarlo desde el script del trabajo con el comando indicado abajo.

    Posteriormente se podrá recuperar el fichero desde el UI (svgd) con el comando:

    lcg-cp -v --vo cesga lfn:/grid/cesga/fichero file:`pwd`/fichero

    Otra opción para el manejo de archivos sería usar los comandos de DPM.

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¿Con quién contactar en caso de problemas?

   Para cualquier consulta relacionada con el funcionamiento de la infraestructura grid existente en el CESGA, puede enviar un correo a egee-admin@cesga.es o llamar al teléfono del CESGA (+34 981 56 98 10) y pedir que le atienda alguna persona de soporte del proyecto EGEE.

   Además tiene la posibilidad de acceder a la página del Global Grid User Support (GGUS).

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Recursos disponibles

   Los siguientes centros aportan recursos a la VO CESGA:

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Enlaces útiles

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